1915年泉州少林寺武僧陈宗汉受命前往台湾传递秘密指令，组织起义再次失败，陈宗汉遭日警追杀，被迫下山进城寻找落脚点。台湾关渡宫妈祖庙董事林崇德主持妈祖诞辰活动，警察局长山田借口捉拿叛军，命令警察前往官渡宫枪杀林崇德及妈祖信众夺走震庙之宝——“天上圣母”妈祖金像。抢到妈祖金身后，台湾总督命令山田护送回国献给日本天皇，回国途中遭陈宗汉阻截，从山田手中夺回妈祖金身。杨宗汉将妈祖金身和幼儿信义托付给台湾同春堂老板林文轩后牺牲。陈宗汉牺牲后日警欲斩草除根，威迫林文轩交出宗汉儿子陈守信，林文轩为保护妈祖金身将亲生儿子林正青冒充杨宗汉之子交给山田，遭到妻子月娥和陈宗汉妻子秀芝的误解和仇恨。月娥离家出走被其师兄季旺乡救回，秀芝被山田追杀负伤后回到福建泉州，山田策划阴谋：对外宣称已将陈宗汉儿子杀死，其实将其私下收养取名为雄一，山田因护送妈祖金身失职被贬回日本。

1937年，日本发动全面侵华战争。台湾的日本当局宣布进入临战体制，山田让已长大成人的雄一回到台湾当警察，投身日本的“皇民化”运动，山田则以日本大和会社的公开身份在台港城四处寻找妈祖金身下落，发誓夺回妈祖金身以洗刷二十年前的耻辱、在台湾雄一对中国文化产生了浓厚的兴趣，时常拜会柳文轩，深得启迪。秀芝的女儿海韵也回到台湾寻找妈祖金身下落，伺机寻找杀父仇人，回春堂在台港城是名门望族，林文轩则是台湾当局的眼中钉，林文轩组织妈祖巡游，组织抵制日本的皇民化运动更是遭到日本警察的仇恨和残酷报复，在与林文轩交往过程中，林文轩的民族精神深深感染着海韵，当得知要报复的仇人竟是林文轩时难以下手。海韵参加了由地下组织的抗日救亡队伍，演出歌仔戏，宣传抗日。遭到山田等人的威胁和破坏，雄一时时出面保护令海韵反感，他们的恋情也遭到父亲山田和母亲美登子的反对。林文轩的儿子林正青从日本留学回到台湾在皇民医院当医生，却卷入到日本设在台湾的生化研究，目睹无数同胞作为活体实验而死去，正青决定炸毁实验室。雄一在无意中听到山田与警察局长的对话，十分震惊，开始寻找当事人以证明自己是中国人，寻找自己的生身父亲。为免遭警察迫害，林文轩向儿子林正青坦言二十二年前关渡宫事件真相后送正青回到福建泉州，秀芝终于得知当年的秘密，为林文轩牺牲亲子的壮举而震憾！ 雄一从各处探听到当年的真相，他在营救生身母亲月娥后返城与母亲美登子道别，遭警察围堵，美登子用自己的性命为雄一解难，雄一痛喊：妈妈·····！山田得知雄一已知身世真相，告诫他：我给你灵魂，给你精神，永生永世我都是你的父亲！如今，站在大日本帝国征服的这片土地上，你敢公开承认自己是中国人吗？为保护妈祖金身不被日本人抢走，林文轩决定将妈祖金身送回福建泉州天后宫，遭到山田等人的阻截，林文轩面对山田枪口，拉响身上炸药与山田同归于尽。

历经无数艰辛的历程，妈祖金身终于回到泉州天后宫，愿妈祖娘娘保佑，保佑天下所有的人平安、幸福！ 台湾同胞半个世纪的苦难与抗争历程，是中国人民及世界人民反法西斯战争的重要组成部分，从1895年到1945年，先后有65万台湾同胞捐躯殉国。台湾同胞为中华民族抵抗外侮，为民族解放事业建立的不朽功勋，将被两岸的中国人永远铭记。